לפני בערך 28 שנה הגיעה לכדור הארץ חללית עמוסה בחייזרים עייפים ותשושים. החללית התמקמה מעל העיר יוהנסבורג בדרום אפריקה הארגון הבינלאומי מנ.אנ.יו החליט להעניק לחייזרים מעמד של פליטים. הם שוכנו במתחם מבודד בפאתי העיר יוהנסבורג הנקרא בסרט אזור 9. החייזרים מיצרים כלי נשק שאיש מלבדם לא יכול לתפעל. חבורה של מקומיים מספקת להם מזון בתמורה לנשקים הללו. החייזרים מוצגים בסרט כפליטים אומללים הנשלטים באכזריות ע"י בני האדם. כעת הארגון רוצה להעביר את החייזרים למחנה חדש. הארגון מנ.אנ.יו מחפש בעצם את הטכנולוגיה והנשק של החייזרים ולא יבחל בשום דרך להשיגם.