'קוני וקרלה' מגולל את סיפורן של קוני (ניה ורדולוס) וקרלה (טוני קולט), שתי זמרות כושלות הנאבקות להצליח באולם הופעות מקומי בשיקגו, אשר חייהן תופסים תפנית מפתיעה כאשר הן מוצאות עצמן עדות יחידות לחיסול של המאפיה. כשעולם הפשע נושף בעורפן של שתי הצעירות האלמוניות ונחוש בדעתו לחסלן בשל מה שהן חזו, הן נסות על חייהן ויוצאות עם רכב לכבישים הארוכים והשוממים של היבשת. בהגיען ללוס אנג'לס, הן מתחזות למלכות דראג, ומשחילות עצמן ללב הסצנה ההומו-לסבית של העיר, בהנחה שהפשע המאורגן בחיים לא יעלה עליהן במקום שכזה. איתרע מזלן והן הופכות לשם דבר וקהל גדול מתחיל לזרום להופעותיהן, תוך שהן צריכות לשמור על תדמית של גברים מחופשים לנשים כדי שלא יעלו על זהותן האמיתית. כאילו כדי להכביד על הסיטואציה הבין-כה בעייתית, פוגשת קוני את ג'ף (דייויד דוכובני), גבר שהיא בהחלט הייתה רוצה להיות האישה הפשוטה שהיא לצידו.