מבוסס על משחק תפקידים מ-1993, "יומני המוטאנטים" עוקב אחר כדור הארץ במאה ה-23, כאשר נזיר בעל נבואות זעם מחליט לשכור את שירותיו של לוחם קומנדו מיומן בכדי לנסות להקים צבא שיעצור זן מוטציות אימתני הקרויים, נקרו-מוטנטים ומאיימים על האנושות. האח סמואל (רון פרלמן - "הלבוי"), מנהיג של פלג דתי שבטוח שהוא יכול להילחם במוטנטים בדרכו ובאמונתו.