'דגל שחור' צולל לסיפור הכמעט לא מדובר, של אירוע שהתרחש בכפר קאסם באוקטובר 1956, כאשר 47 אזרחים חפים מפשע נורו למוות ע"י חיילי משמר הגבול. דרך שלושה ממדים סיפוריים, המשתרגים זה לתוך זה כמו דרמה משפטית מותחת, נפרשת המציאות ההיסטורית, הפוליטית והפסיכולוגית המורכבת, שעיצבה והניעה את האירוע. הפסיפס הקולנועי שיוצרים קווי העלילה, מדגיש את ההבדלים העצומים, הנרטיבים הסותרים והשסעים העמוקים בין יהודים וערבים שנגזר עליהם לחיות יחד במקום אחד. אם נתחיל להכיר בפערים אלה, האם תהיה תקווה לפיוס?