כשליגת הצדק נעדרת והנבלים משתלטים על מטרופוליס, יש רק קבוצה אחת שיכולה לפתור את התעלומה הזו: סקובי-דו והחבורה! אבל רגע, יש כלב חדש בעיר - קריפטו - כלב העל של סופרמן. מסתורין בע"מ תזדקק לכל העזרה שהיא יכולה לקבל כאשר פנטומים מאיימים על המטה של ​​ליגת הצדק.