העולם הדיגיטלי כבר מאוכלס יתר על המידה בשביל המחשב המארח אותו, יגדראסיל. לכן יגדראסיל מחליט להפעיל את תוכנת האקס - תוכנה שמוחקת את כל הדיג'ימונים מלבד כמה בודדים נבחרים. מה שהוא לא ידע שיקרה, זה שכמה דיג'ימונים ישיגו נוגדן לתוכנה שלו, ויצליחו גם להגיע לעולם החדש. דורומון, דיג'ימון בעל נוגדן האקס, מגיע אל העולם החדש בו רק מתנכלים לו. הוא רוצה לדעת למה הוא חי, למה כולם צריכים להמחק, ולמה האבירים המלכותיים שהם מגני הרשת עומדים לצדו של יגדראסיל הנוראי.