Les Flandres, au milieu du XVIe siècle. Sébastien Theus, médecin alchimiste, dont le véritable nom est Zénon, revient clandestinement à Bruges, sa ville natale. Malgré de puissants protecteurs - dont le Prieur des Cordeliers - Zénon, recherché depuis longtemps pour dissidence et écrits subversifs, va être arrêté, jugé et condamné au bûcher.