Après avoir frôlé l'extinction lors de la guerre contre les Zentradiens, l'humanité a pris conscience de la précarité de son existence et les instances internationales ont décidé de lancer un programme d'expansion et de colonisation spatiale. En 2059, la vingt- cinquième flotte d'expansion, Macross Frontier, continue son voyage à travers l'univers. C'est sur ce méga vaisseau colonisateur que débarque la méga star Sherryl Nome pour s'y produire en concert. Alto, jeune élève pilote de l'académie, offre deux places à son amie Ranka, grande fan de la chanteuse. Alors que toute l'attention de la colonie est tournée vers le concert-évènement, une forme de vie extraterrestre se manifeste non loin de là et menace la quiétude des colons…