Le prologue de Alien : Covenant se déroule à bord du vaisseau spatial Covenant, qui est en route vers une planète lointaine pour établir une nouvelle colonie humaine. L'équipage du vaisseau se compose de 14 membres, tous en couples, et d'un androïde nommé Walter. Avant de se préparer à entrer en hibernation, l'équipage partage un dernier repas ensemble.