Situé après la restauration de Meiji à Otsu, préfecture de Shiga, Japon. Orochi est un serpent géant avec un pouvoir énorme. Le serpent géant revit une fois tous les 300 ans et apporte le désastre au peuple. Cette année est l'année du renouveau d'Orochi. La famille Kumo, qui succède au sanctuaire de Kumo, a 3 fils. Le fils aîné est Tenka ( Sota Fukushi ), le second est Soramaru et le plus jeune Chutaro. Les 3 frères tentent de bloquer le pouvoir d'Orochi. Pendant ce temps, les forces spéciales Yamainu tentent de sceller à nouveau la puissance d'Orochi pour ramener la paix au Japon, mais le groupe ninja "Anyaku" du clan Fuma entame leur mouvement pour obtenir le pouvoir d'Orochi de renverser le gouvernement. Autour de la renaissance d'Orochi, une bataille à trois se déroule entre les frères, les forces spéciales Yamainu et le groupe ninja Anyaku du clan Fuma.