Au 21ème siècle, la Terre est tombée sous la domination de l’Empire de Galvia (Gavian en VO), dirigé de main de fer par l'empereur Darius. Peu de personnes osent encore se rebeller contre lui. C'est le cas de Ricky et Ben, deux amis dont le navire est coulé par les hommes de Darius. Alors qu'ils sont tout prêts de perdre la vie, ils sont sauvés par l'équipage d'un sous-marin, le Nautilus. Celui-ci regroupe les rares personnes à lutter contre Darius et son empire. Son capitaine, Nemo, est un homme énigmatique dont les rapports avec sa fille, Sophia, sont plutôt froids. La jeune fille, qui vit aussi sur le Nautilus devient vite l'amie de Ricky.