هنگامی که یک شخصیت مرموز شروع به هدف قرار دادن کیمیاگران وابسته به حکومت به خاطر گناهانشان در برابر خدا می‌کند، کیمیاگر ادوارد الریک و برادرش آلفونس در آسیب‌پذیرترین حالت خود قرار دارند، در این میان هومونکلوس‌ها بار دیگر خود را آشکار می‌کنند.