Jon Sobrino nació en Barcelona durante la Guerra Civil en una familia de origen vasco. Ingresó en la Compañía de Jesús a los 18 años de edad. Poco después viajó a El Salvador en 1957. Más tarde cursó estudios de ingeniería en la universidad jesuita de San Luis, en los Estados Unidos, y teología en la Facultad de Filosofía y Teología Sankt Georgen en Fráncfort del Meno, Alemania. Volvió a El Salvador como profesor universitario de teología en la Universidad Centroamericana "José Simeón Cañas", la cual ayudó a fundar. Fue estrecho colaborador del arzobispo de San Salvador Óscar Romero, asesinado en 1980.