El malvado caballero Torchesac, que está al servicio del siniestro señor de La Mortaille, consigue una flauta mágica muy poderosa y la utiliza para atacar pueblo tras pueblo con intención de conquistar el reino. Johan y Pirlouit, asistidos por el mago Homnibus, viajan a la tierra de los pitufos, los únicos fabricantes de este tipo de instrumentos, para conseguir una nueva flauta y luchar contra los usurpadores.