Un Japón distópico, dentro de 20 años. La saturación canina ha alcanzado proporciones de epidemia en Megasaki. Un brote de gripe canina se propaga, por eso, el Mayor Kabayashi dicta una orden de emergencia decretando la cuarentena. Isla Basura es el lugar donde se evacua a todos los perros. Allí, un grupo de aterradores perros alfa, encabezados por Chief, han perdido toda esperanza de volver con sus dueños. Hasta que un día aparece Atari, un niño de 12 años, sobrino del malvado Mayor, que llega hasta la isla pilotando un avión. Su objetivo es buscar a su perro Spots. Esté donde esté, el niño y la manada perruna lo encontrarán.