En la infinita y eterna grieta del espacio y tiempo, dos entidades que jamás debieron encontrarse, chocan en un combate de grandes proporciones. Una de ella es la deidad del tiempo Dialga quien logra herir a su contraparte Palkia, la deidad del espacio. Mientras tanto, en otro lugar un hombre lee el diario de un famoso arquitecto llamado Godey. En este, se predice lo que podría ser la destrucción del mundo debido a fuerzas poderosas que colisionan unas con otras...