Der junge Nils Holgersson hat den Ruf, ein Nichtstuer und Faulpelz zu sein. Auch zu den Tieren auf dem Hof seiner Familie ist er nicht sonderlich gut. Nach einer unglücklichen Begegnung mit einem Kobold wird Nils von diesem in einen Däumling verwandelt und versteht fortan die Sprache der Tiere. Dadurch bekommt er mit, dass sich die letzte Gans seines Hofs zusammen mit einigen Wildgänsen auf den Weg nach Lappland machen will. Als Nils dies zu verhindern versucht, hebt er unfreiwillig mit den Gänsen ab, woraufhin diverse Abenteuer für ihn beginnen. Währenddessen macht sich Nils' Freundin Åsa auf die Suche nach dem verschwundenen Jungen.