Die Höhle des Königs Shisa wird freigelegt. In ihr befindet sich eine Statue und eine alte Prophezeiung. Die Weissagung erzählt davon das riesige Monster über die Menschheit kommen werden. Riesige Monster die Japan zerstören wollen? Wie absurd! Godzilla hat anscheinend auch davon gehört und er versucht deshalb das Industriegebiet bei Nacht zu zerstören. Dabei war Godzilla doch in der letzten Zeit so lieb und brav. Hat mit Hummern Volleyball gespielt, die Welt gerettet und sich rührend um den Nachwuchs gekümmert. Warum also ist er wieder böse geworden? Als der tollwütige Godzilla auch noch seinen alten Kumpel Anguirus angreift wird es allen klar. Die wütende Bestie ist gar nicht Godzilla sondern ein von Aliens nach den Maßen von Godzilla gebauter Roboter. Mit dieser Maschine soll nicht nur Godzilla besiegt, sondern auch die Menschheit versklavt werden. Professor Miyajima und andere Menschen wollen Godzilla helfen und erwecken König Shisa. Kommen sie gemeinsam gegen Mechagodzilla an?