U-Boot-Captain Paul Blanchard befindet sich auf seiner letzten Fahrt vor dem Ruhestand. Kurz bevor er mit dem Atom-U-Boot USS Neptune in den Zielhafen einfährt, wird es von einem norwegischen Frachter gerammt. Das U-Boot sinkt auf den Meeresboden und seine heikle Lage direkt an einem Abgrund lässt alle herkömmlichen Rettungsaktionen der Navy scheitern. Jetzt kann nur noch Captain Gates, notorischer Querdenker und Nonkonformist, mit seinem neuen, kleinen Rettungs-U-Boot helfen. Gemeinsam mit seinem Assistenten Mickey versucht er, die Besatzung der USS Neptune vor dem sicheren Tod zu retten, während sich die Lage an Bord immer mehr zuspitzt.