Jahre nach den Ereignissen von Megazone 23 Part II, existiert nur noch eine Stadt auf der Erde: Eden. Dort lebt Eiji Takanaka, ein B-Level Hacker welche gerade in EX, die Organisation die Eden kontrolliert, aufgenommen wurde. Noch vor seinem ersten Arbeitstag wird er in einen alten Krieg um die Wiederbesiedlung der Erde verstrickt.