Clannad se odehrává na střední škole v nějakém japonském městě. Okazaki Tomoya je student třetího ročníku, který své studium nebere vážně. Vždy chodí pozdě na vyučování a ostatní spolužáci, kteří jsou zaneprázdněni přípravou na přijímací zkoušky, ho považují za delikventa. Netřeba dodávat, že nemá ani příliš mnoho blízkých přátel.